1. Ce ne serait pas un désastre pour la faune, et tanner la peau, naturaliser le massacre pour le vendre, ainsi que les pattes, constituerait, en dehors d’un bien maigre salaire, leur seul bénéfice de la saison.

Je mettrais un point-virgule après faune, de façon à éviter que tout soit sur le même plan. De plus, c’est mettre en relief le lien logique entre les deux parties de la phrase ainsi délimitées.

2. Quand sa fille lui apprit la mort de leur chien, à sa grande surprise, Gustave ne fit aucun commentaire et s’abîma dans une méditation de mauvais augure. 

J’écrirais ceci, pour éviter le « télescopage » des possessifs et du pronom :

Quand sa fille lui apprit la mort de leur chien, elle fut très surprise que Gustave ne fît   aucun commentaire et s’abîmât dans une méditation de mauvais augure.

Oui, comme Tara le suggère, le point-virgule améliorera la phrase. Je suis aussi un peu gênée par la ponctuation de la suite mais je ne comprends pas bien ce que vous voulez dire exactement. « ainsi que les pattes » veut-il dire qu’elles seront vendues telles quelles, pour être mangées ? Ou sont-elles naturalisées aussi ? Voulez-vous le mettre en apposition du reste (comme vous l’encadrez de virgules) ou est-ce un troisième élément au même plan que les deux premiers ?
Si vous voulez le mettre en apposition, j’utiliserais plutôt des tirets, ce serait plus clair. Sinon, j’enlèverais les virgules. Et je mettrais constituer au pluriel.

Pour la deuxième, deux « sa » qui ne se réfère pas à la même personne, c’est effectivement gênant.

Je vous propose ceci, mais, étant donné le peu de clarté de la phrase,  c’est prendre parti pour un sens plutôt qu’un autre :

Ce ne serait pas un désastre pour la faune; si on oublie leur maigre salaire, le seul bénéfice de la saison, serait pour eux de tanner la peau, et de vendre le massacre naturalisé et les pattes.