Bonjour,

Personnellement, je n’entends pas de sons « a » différents. Désolé. Je n’ai sans doute pas l’oreille aussi aiguisée que la vôtre.

Personnellement, je dirais que dans chacun de ces mots, les lettres a se prononcent toutes /a/, mais que les premières sont brèves, alors que les secondes sont allongées. Je ne sais pas si vous percevez la même chose que moi.
Ce genre de modifications dans la prononciation des phonèmes dues à l’environnement phonétique sont fréquentes, et on peut – lors d’une transcription phonétique – les indiquer au moyen de signes dits « diacritiques ». Dans le cas présent, pour indiquer la plus grande durée de ma prononciation, on utilisera le diacritique : (indique la durée). On transcrira donc non pas (ka.naʁ], mais [ka.na:ʁ] ;  [ba.ɡaʒ], mais [ba.ɡa:ʒ] ;  [ba.nan], mais [ba.na:n].

J’ai trouvé une façon exagérée de m’expliquer.
Le « o » se prononce de deux façons dans ces mots : « colonne », « rotor », « aérosol ». La premier « o » est fermé, le « o » précédant la dernière consonne est ouvert.
Je ressens une différence du même type avec le « a » : le premier plus fermé et plus aplati, et le dernier plus ouvert et plus clair.
J’entends deux « a » fermés dans « papa » (un peu comme dans « toto ») et un « a » fermé suivi d’un « a » ouvert dans « papatte » (un peu comme dans « popote »).
Mais comme ça n’apparaît pas dans les transcriptions phonétiques, peut-être que ce j’entends (une voyelle qui s’ouvre toute seule avant la consonne finale) n’existe simplement pas.