Qu’en serait-il ? Qu’en sera-t-il ?  Qu’en fut-il ?  Etc. C’est correct.
Mais qu’en soit-il ?  Jamais lu, jamais entendu.

Qu’il en soit ainsi !
Qu’il en soit fait selon vos volontés !

La question est :
« qu’en est-il » est au présent de l’indicatif.  Mais est-il bien de le mettre par exemple, au conditionnel, subjonctif, etc. ? »
Or qu’en est-il ?  et  Qu’il en soit  [ainsi ou autre] !  ont de sens bien différents.

La preuve, si besoin était, serait que l’on pourrait avoir, par ex., ce dialogue :
— Qu’n est-il de son état de santé ?
– Le médecin a dit qu’il va s’améliorer.
– Qu’il en soit ainsi !  (On ne répondrait pas alors : Qu’en est-il ?)

Qu’il en soit ainsi !
« Formule dont on se sert pour exprimer le souhait que s’accomplisse ce que l’on vient de dire. Note : Cette locution se place ordinairement à la fin des prières qu’on adresse à Dieu ou aux saints. Par extension, on peut aussi l’utiliser dans d’autres contextes, mais cet usage est vieilli ou ludique. »