Bonjour,

ne … que  signifie seulement

Il n‘y a que lui qui pense ainsi ──► Il est le seul à penser ainsi.

ne … pas que

Il n‘y a pas que lui qui pense ainsi ──► Il n’est pas le seul à penser ainsi.

Remarque:

Ne … pas que est une locution employée souvent comme contraire de ne…que. Elle est critiquée par Littré et aussi par l’Académie , qui la déclarent « vicieuse ».
En effet elle contient deux négations qui, s’annulant, vaudraient une affirmation.

Ne… pas que ou ne … point que est pourtant entrée dans l’usage et se trouve sous la plume de grands écrivains : A. France ; A. Daudet ; G. Duhamel…