Je  pense que Virginie veut bien parler de l’humanité.

Si tel est bien le cas, on peut écrire  : L’humanité dormait, à l’exception de quelques…
OU
Seuls quelques être humains ne dormaient pas.
Etc.

Presque tous ceux qui étaient là dormaient, sauf… est incorrect, à mon sens, puisque le fait que tous ne dormaient pas est exprimé deux fois dans la même phrase.

« L’humanité dormait, seuls quelques-uns… » ?
Non on ne peut pas
Humanité : ensemble des hommes, du genre humain, parfois considéré comme constituant un tout, un être collectif. TLF
Vous parlez forcément d’un certain nombre d’hommes , pas de l’ensemble des hommes de tous les temps et de tous lieux.
Les hommes dormaient, sauf... (s’il ne s’agit que d’individus masculins ou bien si vous les opposaient aux animaux par exemple)
Tous dormaient. (si vous en avez déjà parlé)
Presque tous ceux qui étaient là dormaient, sauf…

Mais donnez-nous un peu plus de contexte s’il vous plaît.

C’est de la science-fiction donc c’est bien l’ensemble des hommes qui est endormi, excepté quelques uns.