* Pour préciser un niveau, dans des arbres ou ailleurs, on utilise le singulier : le sommet des arbres, le bas des immeubles, le pied des tours, au niveau des premières branches des arbres.
Les sommets des arbres, ça n’existe pas davantage que les hauts des tours.

* Le mot « en » : « en leur sommet » ne se dit pas facilement, cela signifie « dans leur sommet », et ce n’est pas justifié pour parler du sommet des arbres.
Maintenant, on peut sans doute comprendre que par « sommet », vous ne désignez pas le sommet-sommet mais plus largement la partie supérieure de l’arbre (une plante peut par exemple pousser dans les sommets d’un massif montagneux). Mais alors que signifie « se plier dans le sommet » si ce n’est plus un niveau ?

* Je pense que vous avez mélangé le sommet désignant une partie supérieure, qui peut parfois se mettre au pluriel, et le sommet désignant un niveau, qui reste toujours au singulier.
Pour le niveau, écrivez plutôt : à leur sommet.
Sans doute également avez-vous eu tort de vouloir utiliser un complément de lieu avec le verbe « se plier ». Quand un homme se penche, quand un arbre plie ou se plie, à quoi bon désigner un endroit du corps ou de l’arbre ? Vous pourriez écrire simplement « les arbres ployaient ».
Si votre description de la tempête nécessite de parler précisément des parties supérieurs des arbres, faites-en le sujet d’une phrase en écrivant par exemple que « les faîtes des pins tremblaient ».

* Vous devez obligatoirement écrire « leur sommet » au singulier quand il est nécessaire de parler du sommet des arbres dans le complément d’une proposition dont les arbres sont le sujet.

leur sommet ou leurs sommets, les deux sont corrects.
Le singulier se justifie pour exprimer le sommet de chaque arbre, le pluriel exprime la pluralité des sommets.

Merci Joëlle,  je vais y réfléchir alors.