Il est entendu par les deux parties que ce contrat a une valeur morale qui les relie.
Qui les relie :
« Qui » est sujet du verbe « relie »r – « qui » est pronom reprenant un nom singulier  « valeur » : il est lui même singulier >>> relie
« Les » est pronom COD du verbe « relier » – « les » est pronom reprenant « les deux parties »
Qui les relie = une valeur morale relie les deux parties

Merci beaucoup, c’est ce que je pensais mais ayant un doute j’ai préféré demander.

Bonne journée

Il me semble qu’on dira plutôt « une valeur morale qui les lie« . Voir ICI