… et quand bien même le pronom « en » serait COD comme dans « j’en ai retenu » qu’il n’y aurait toujours pas accord.

Il n’y a aucune raison d’accorder « retenu » au pluriel : le sujet est « je » ==> j’ai retenu (pas d’accord)
J’en ai retenu deux : l » pronom « en » représente un complément indirect ou circonstanciel  (sous-entendu :  j’ai retenu deux « parmi ces recherches »).

Les recherches que j’ai retenues. ==> Là, c’est exact, on accorde avec « recherches » qui est un COD bien placé avant.

Quand le participe passé est employé avec l’auxiliaire avoir, pour son accord, on recherche le COD et pas le sujet. S’il est avant le verbe : accord, après, pas accord.
Parmi les phrases proposées, j’en ai retenu deux = j’ai retenu deux  d’entre elles.
Le COD est « deux », qui est placé après le verbe. Ainsi, il n’y a pas accord.

Merci !