ce qui les différencie ; ce qui nous différencie : le sujet est « ce », donc verbe au singulier.
Si vous intercalez un pronom « les ou nous », cela représente un complément et n’a pas d’effet sur le verbe à ce temps simple.

Tout d’abord votre question n’est pas bête, et d’ailleurs il n’existe pas vraiment de question bête. Si l’on n’a pas la réponse, on a bien raison de poser la question ;°)

On accorde avec le sujet. La question à se poser : Qui fait l’action de différencier ?
Ce qui les différencie –> C’est « ce » (masculin-singulier) qui est le sujet

Ceux qui les différencient –> C’est « ceux » ( masculin-pluriel) qui est le sujet.