1. Ils étaient de bonnes gens très respectés.
2. Elles étaient de bonnes gens très respectés.

Les phrases ne sont pas complexes.  Une phrase complexe comporte plusieurs propositions avec subordination.
La présence ou non d’une virgule a en effet une incidence sur l’accord. La virgule permet de rapporter l’adjectif « respecté » au sujet de la phrase, sans que ce soit obligatoire, la virgule pouvant servir à mettre l’adjectif en relief seulement :
1. Ils étaient de bonnes gens, très respectés.
2. Elles étaient de bonnes gens, très respectées/respectés.

Une remarque : ces nuances ne sont perceptibles qu’à l’écrit et pour le sujet féminin et n’apportent rien au sens,

Bonjour,
La réponse figure dans le Grevisse (§490, 16e édition) : « Cependant, s’il est précédé immédiatement d’une épithète  ou d’un déterminant ayant une terminaison différente pour chaque genre, on met au féminin cette épithète et ce déterminant ainsi que toute épithète attachée ou tout déterminant placés avant gens, et faisant partie du même syntagme, – mais on laisse au masculin tous les autres mots dont gens commande l’accord (épithètes détachées ; pronoms redondants ; adjectifs participes et pronoms placés après gens). » Exemple : Ces pieuses gens plutôt méfiants (R. Lévesque, Attendez que je me rappelle… p.130). Dans tous les cas : Ils étaient de bonnes gens très respectés. Elles étaient de bonnes gens très respectés.