Ces troubles psychiques en entrainent généralement d’autres, physiques qui sont parfois plus visibles: perte de poids, troubles alimentaires…

« En » est nécessaire : pronom reprenant le nom « troubles » (évitant ainsi sa répétition) = Ces troubles psychiques entrainent généralement d’autres troubles physiques qui sont parfois plus visibles: perte de poids, troubles alimentaires…
Ce qui vous gêne, je pense, est la rencontre des deux syllabes « en ». Auquel cas, on peut reformuler.
– garder la répétition : Ces troubles psychiques entrainent généralement d’autres troubles physiques qui sont parfois plus visibles: perte de poids, troubles alimentaires…
– changer de verbe : Ces troubles psychiques en provoquent généralement d’autres, physiques qui sont parfois plus visibles: perte de poids, troubles alimentaires… / en génèrent…

La répétition de la syllabe « en » n’est pas gênante.

Dictionnaire Larousse en ligne :

• 1. Traîner quelque chose ou quelqu’un avec soi, derrière soi, les emporter avec soi en parlant de quelque chose ou de quelqu’un en mouvement : Le vase tomba en entraînant les bibelots posés à côté. »

Dans les deux cas, une virgule est nécessaire avant « physiques ».
Dans le second cas, la répétition du mot « troubles » s’impose. Il a été remplacé par « en » justement, dans votre première proposition.

Ces troubles psychiques en entraînent généralement d’autres, physiques, qui sont parfois plus visibles : perte de poids, troubles alimentaires…
Ces troubles psychiques entrainant généralement d’autres troubles, physiques, parfois plus visibles : perte de poids…