Les sigles ne sont que des abréviations conventionnelles de groupes de mots  que l’on écrit selon les règles habituelles d’emploi des majuscules. En dehors des patronymes (noms de personnes) et toponymes (noms de lieux) qui figurent à l’intérieur, il n’y a donc souvent lieu de majusculer que le premier mot s’il qualifie la dénomination d’un organisme (raison sociale, nom propre d’un organisme). C’est le cas fréquent pour des mots comme Société, Établissements,  Fédération,  Union, et tant d’autres.
Tous les autres mots sont normalement avec minuscule initiale.
Donc : habitation à loyer modéré ou section d’éducation spécialisée. Si la confrérie de C.C.C.  est unique, alors majuscule à Confrérie. Si elle est une parmi d’autres, pas de majuscule.
NB Les sigles étrangers suivent d’autres règles, celles de leur pays d’origine avec utilisation de l’italique.