Bonjour,

Il faut écrire :

C’est un garçon dont je connais LES qualités.

Dont ne peut introduire une relative qui renferme un adjectif possessif en rapport avec l’antécédent.

On dira pas :

L’ usine dont on aperçoit sa cheminée 
mais
L’ usine dont on aperçoit LA cheminée.

C’est un garçon dont je connais SES qualités. Car sur le plan grammatical, il y a deux formes linguistiques( dont et ses) qui renvoient au même mot(un garçon).