« J’aimerais comprendre pourquoi dans la phrase ci-dessous il faut utiliser « ce qui a provoqué que »  et pourquoi il n’est pas possible d’utiliser « c’est pourquoi ».
– Il a manqué son train ; ce qui a provoqué qu’il est arrivé en retard »

Mais il ne faut pas utiliser « ce qui a provoqué qu’il est…  »  Ce serait incorrect.
Il est possible d’employer  « c’est pourquoi » ou « c’est la raison pour laquelle ».

Attention !  c’est pourquoi est correct , contrairement à ce qui est dit.  Par ex., l’Académie française, qui est plutôt sourcilleuse,  écrit dans son Dictionnaire (9e éd., art. « pourquoi »), sans la moindre réserve :

 « Introduit la conséquence, la conclusion de ce qui vient d’être dit. C’est pourquoi, voilà pourquoi. J’ai une chose urgente à lui demander, c’est pourquoi j’irai le voir dès ce matin. »
(C’est moi qui ai  graissé.)

Pourquoi « c’est pourquoi » n’est pas correct et « c’est la raison pour laquelle » serait correct ? « c’est la raison pour laquelle », « c’est pourquoi », « c’est pour cela » et « voilà pourquoi » sont des expressions interchangeables, donc quelle est la différence ?

En ce qui concerne « c’est pourquoi », ce que vous me dites n’est pas correct, car cette expression est un synonyme de  « c’est la raison pour laquelle »,
elle introduit une conséquence.

• • C’est pourquoi elle consacre beaucoup de temps à sa famille.

• • Il a de l’argent, c’est pourquoi il s’est acheté une voiture.

Merci beaucoup Prince, tout est plus clair.

Il a manqué son train, ce qui a provoqué son retard. 

« c’est pourquoi » n’est pas correct==>on mettra « c’est la raison pour laquelle »
« ce qui a provoqué que » : ce n’est pas correct.