les difficultés qu’elle surmonte : le verbe est conjugué en fonction du temps (présent de l’indicatif) et de la personne : le sujet ici est « elle » 3e pers. du sing.
les difficultés qu’elle  a surmontées : part. passé s’accorde avec le COD « les difficultés » placé avant (auxiliaire avoir / passé composé).
Révisez bien : conjugaison des temps simples et accords des part. passés, bon courage !