L’indicatif est de rigueur : Ce sont les seules personnes que j’ai renontrées.

Les relatives dépendant d’un superlatif (le plus…, le moins…) sont le plus souvent au subjonctif.
C’est le plus grand spécialiste que je connaisse.
Il nous a fait goûter le meilleur vin qu’il ait dans sa cave.
De même, le subjonctif est fréquent quand la principale contient les termes tels que : le seul, l’unique, le premier, le dernier.
C’est le seul ami que je lui connaisse.

Donc, les seules personnes qu’il ait (que j’aie rencontrées).

Je reconnais avoir eu un doute, difficile à lever par une règle incontestable.

À la fin, je n’ai pu trouver mieux que cet article de Grammaire Reverso. Il indique que le subjonctif dans les subordonnées relatives est « courant » ou « fréquent » après un superlatif ou des tournures telles que le seul, l’unique, le premier, le dernier. Si quelqu’un a une source plus détaillée, je suis preneur.

De plus, j’ai pu localiser dans le CNRTL quelques citations avec emploi du subjonctif uniquement.

Au total, le subjonctif semble la forme à recommander, sans que l’indicatif puisse être qualifié de fautif…

Bonjour,

Après le seul (la seule) le verbe se met généralement au subjonctif pour atténuer le sens trop nettement absolu de cette expression:

C’est le seul homme qui vive de la sorte (Acad.).
Vous êtes le seul qui l’ait fait (Id.).
C’est la seule place à laquelle vous puis­siez aspirer.

Mais s’il s’agit d’exprimer une certi­tude, la réalité d’un fait, et qu’on veuille présenter celui-ci comme incontestable, on peut se servir de l’indicatif :

C’est le seul médecin que nous avons consulté depuis dix ans.
L’homme est le seul de tous les ani­maux qui est droit sur ses pieds (Féne­Ion; cité par Littré).

On peut également employer le condi­tionnel (fait hypothétique) :

C’est le seul qui se permettrait ou qui pourrait se permettre une telle privauté. (On dira mieux, cependant, qui soit capable de se permettre … )

(La règle est la même pour  le der­nier,  la dernière.)

Ref: Difficultés de la langue française Larousse.

La relative prend généralement son verbe au subjonctif quand l’antécédent du relatif est accompagné de le seul, l’unique le premier, le dernier ou d’un superlatif relatif. Le subjonctif adoucit ce qu’il y a  de trop catégorique dans la principale :

Cet enfant est le premier de sa race qui ait fait une trahison( P. Mérimée)
Le seul sage que l’Allemagne ait produit se trouve être son plus grand homme (Giraudoux)
Le meilleur auxiliaire que puisse trouver la discipline c’est le danger {Vigny)

Mais l‘indicatif est correct également dans ce type de phrases, avec un son plus affirmatif:

Notre nature, qui est la seule  que Dieu a faite à sa ressemblance (Bossuet).
C’est l’unique  sujet qu’il m‘a donné de plainte (Corneille)
Dinan est certainement une des villes les plus curieuses que j’ai rencontrées (A. ‘Theuriet). Le verbe sera également à l’indicatif si la relative forme comme me parenthèse:
Ses premières œuvres, que j’ai parcourues, ne m’ont pas enchanté. 

Il en est de même après le tour emphatique « c’est » mettant mot en valeur :

 C’est Ia toilette  la plus simple qui lui plaît le plus .

Ref: Guide de langue française. René Georgin.

Littré a écrit:

Le seul…. qui…. avec l’indicatif, quand celui qui parle veut rendre l’idée positive.
  Ils [les Égyptiens] se vantaient d’être les seuls qui avaient fait, comme les dieux, des ouvrages immortels,BOSSUET.
  L’homme est le seul de tous les animaux qui est droit sur ses pieds, FÉNELON.
  […] de beaucoup de frères qu’avait eus le duc de Noailles, c’était le seul qui restait, SAINT-SIMON.

Le seul…. qui avec le conditionnel.
  C’est le seul danger qu’on pourrait craindre, Dict. de l’Acad.

Le seul. .. qui…. avec le subjonctif, quand l’idée n’est pas positive.
  La seule chose qui dépende de nous c’est de rendre nos souffrances méritoires, MASSILLON.
  Les Marattes, dans ces vastes pays, sont presque les seuls qui soient libres, VOLTAIRE.