Les arrêts maladie, sont des arrêts de travail pour maladie, le mot n’existe pas avec trait d’union, car c’est plutôt un raccourci.

Voici la règle générale.

https://dictionnaire.lerobert.com/guide/pluriel-des-composes

Si par « on accorde les deux noms avec le trait d’union » vous voulez dire que dans un mot composé formé de deux noms, les noms reliés par un trait d’union prennent tous les deux la marque du pluriel, non, ce n’est pas forcément le cas.
Si le second joue un rôle d’adjectif, s’il représente la même réalité que le premier, oui :
— un café-théâtre, des cafés-théâtres
Si le second joue un rôle de complément du nom, mais ne représente pas la même réalité que le premier, les deux éléments sont indépendants :
— une assurance-vie, des assurances-vie
— une lampe-tempête, des lampes-tempête
On applique ce modèle quand on choisit d’utiliser le mot composé « arrêt-maladie », avec un trait d’union, pour exprimer une réalité non réductible à ses deux éléments considérés indépendamment :
— un arrêt-maladie, des arrêts-maladie
Sans trait d’union, et c’est l’écriture la plus courante, la logique à respecter est la même :
— un arrêt maladie, des arrêts maladie

Je vous invite à regarder ce lien du Larousse : https://www.larousse.fr/dictionnaires/francais/arr%C3%AAt-maladie/5389