Si le mot ensemble est précédé d’un déterminant défini (le, la, l’), l’accord du verbe se fait au singulier. L’ensemble est considéré comme un nom collectif : L’ensemble de ses œuvres est coloré. L’ensemble des joueurs de l’équipe a participé à l’entraînement.

Donc l’ensemble des travaux qui rend un bâtiment habitable.

Joëlle vous donne la bonne règle, en effet.
Pourtant _ et c’est l’éternel débat… _ votre proposition est tout à fait défendable, car ce sont bien les travaux effectués qui rendent l’immeuble habitable, et non pas « l’ensemble ».
Personnellement j’aurais conjugué le verbe à la troisième personne du pluriel, ou éventuellement tourné ma phrase autrement, comme par exemple :
En ce qui concerne les travaux qui rendent un immeuble habitable, l’ensemble peut atteindre plusieurs centaines de milliers d’euros ».

On n’accorde pas les verbes, on les conjugue. Et on les conjugue selon leur sujet :
— La liste des travaux qui ont été jugés nécessaires…
— La liste des travaux qui a été établie…
Commencez donc par identifier le sujet du verbe, c’est-à-dire l’antécédent du pronom « qui ».

Quand vous aurez fait cela, montrez la fin de la phrase. Je pense que c’est la conjugaison de la proposition principale qui vous pose un problème.
— L’ensemble des travaux qui sont nécessaires coûtera un million / coûteront un million ?
Si un groupe nominal introduit par « l’ensemble des » peut parfois (rarement) être considéré comme un pluriel, une relative déterminative complétant le nom fait que le noyau du groupe nominal est obligatoirement le mot « ensemble », masculin singulier, comme si on avait utilisé un déterminant démonstratif (l’ensemble des choses qui, cet ensemble, singulier). Un ensemble de choses définies par une relative déterminative est un sujet singulier.
— L’ensemble des travaux qui sont nécessaires coûtera un million.
Si vous préférez le pluriel parce que pour vous, « l’ensemble des travaux », cela signifie « tous les travaux », alors écrivez « tous les travaux ».
J’imagine que vous avez mélangé deux problèmes, celui du sujet de la principale et celui de l’antécédent de la relative. Il est généralement normal que la principale soit conjuguée au singulier selon le mot « ensemble », et la relative au pluriel selon le complément du mot « ensemble ».