Il ne s’agit pas ici d’orthographe à proprement parler, mais de syntaxe. Et la syntaxe de l’ancien français est spécifique.

Le verbe précédé de plusieurs sujets peut s’accorder avec l’ensemble des sujets et se mettre au pluriel. Mais la liberté de construction est si grande dans la langue du moyen âge que le verbe peut ne s’accorder qu’avec le sujet le plus rapproché, même si ce sujet est au singulier et que l’autre ou les autres soient au pluriel ; cela arrive surtout quand les sujets sont joints entre eux par et et de préférence par les particules disjonctives ne, ou.
« Grammaire élémentaire de l’ancien français » – Joseph Anglade

Exemple cité ci-dessus (c’est moi qui souligne) :
Murs ne citét n’i est remés a fraindre. (Rol., 5.) > Ni mur ni cité n’y sont restés à renverser.
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Le texte de la chanson que vous citez est vraisemblablement au moins modernisé. Au XVe la langue est déjà plus proche de notre français contemporain mais en diffère encore.

Bonjour,
Il n’est pas pertinent d’analyser un texte du XVe siècle avec les outils de la langue moderne. À l’époque, l’orthographe du français n’était pas encore inventée. On peut cependant se demander si aujourd’hui on pourrait l’écrire de la même façon. A priori, il faut accorder au pluriel un verbe commandé par deux sujets :  » …Où croissent la rose et le muguet. » Cependant, on peut aussi envisager une non-répétition du verbe croître qui autoriserait le maintien au singulier « … Où croît la rose et [croît] le muguet. » Une telle construction n’est possible que grâce à l’inversion des sujets.

Merci pour cette analyse !