Dans votre cas, les deux accords sont possibles :
au singulier = afin d’écarter n’importe quelle cause médicale./ quelle que soit la cause médicale.
Au pluriel = afin d’écarter toutes les causes médicales.

Parfois, le choix semble plus difficilement acceptable, ainsi par exemple, dans les cas suivants, le singulier me parait difficilement défendable :
toutes voiles dehors = toutes les voiles dehors >>> OK mais,
Toute voile dehors = n’importe quelle voile dehors / quelle que soit la voile dehors >>> ?????

Toutes griffes dehors = toutes les griffes dehors >>> OK mais,
toute griffe dehors = n’importe quelle griffe dehors / quelle que soit la griffe dehors >>> ?????

A contrario, on peut aussi bien avoir :
à tout moment (= n’importe quel moment / quel que soit le moment) et à tous moments (= dans tous les moments)
de toute sorte (= de n’importe quelle sorte / quelle que soit la sorte) et de toutes sortes (= de toutes les sortes).

Et si l’on rajoute un petit adjectif à toute(s) cause(s )médicale(s), le choix ne sera plus possible et seul le pluriel sera correct : Toutes causes médicales confondues
>>> hausse de la mortalité toutes causes médicales confondues. Aucun sens avec le singulier !

EDIT
Tout au pluriel (donc toutes / tous) peut très bien s’employer avec un substantif non précédé d’un déterminant :

Je vous donnerai la même réponse que Chambaron.
Il convient de choisir entre : toute cause et toutes les causes.

Diriez-vous (la liaison nous aide peut-être à mieux voir les différences):
– afin d’éviter toutes histoires inutiles  ou toute histoire inutile ?
– afin d’éviter toutes histoires inutiles ou toutes les histoires inutiles ?

Bonsoir,

Lorsque que « tout » est adjectif indéfini il s’accorde en genre et en nombre. Dans votre exemple vous accordez déjà en genre (toutE) alors pourquoi pas en nombre ?

https://www.projet-voltaire.fr/regles-orthographe/tout-autre-ou-toute-autre/

cdt

En français, à défaut d’élément indiquant un pluriel (article, complément, sens, expression consacrée), c’est le singulier qui prévaut. Si le pluriel doit être indiqué (on dit marqué en linguistique), il faut le faire de manière spécifique, notamment pour qu’on l’entende.
Ce n’est pas le cas ici donc « afin d’écarter toute cause médicale ». Sinon dites et écrivez : « afin d’écarter toutes les causes médicales».