Oui, il faut mettre le S…
Les mille mots qui sont venus ou me sont venus (qui sont venus à moi).

Les mille mots qui m’étaient venus en tête.

Je ne vois pas de verbe pronominal.
En grammaire, un verbe pronominal ou verbe réfléchi est un verbe dont la conjugaison s’accompagne d’un pronom réfléchi en fonction de complément d’objet direct ou indirect, renvoyant au même référent que le sujet.
Le verbe pronominal « se venir » n’existe pas.
On a seulement le verbe « venir » accompagné d’un complément d’objet indirecte « me » (|m’|).

Il y a accord du participe passé avec le sujet »mille mots » puisqu’on a l’auxiliaire « être ».