« Les deux formes sont acceptables. On peut remettre le singulier, considérant qu’on s’intéresse à chaque personne en particulier ; on peut mettre le pluriel si c’est la totalité que l’on veut mettre en valeur. »
(Académie française) !

Les deux sont possibles.

Pris dans un sens général (être autonome) :
« Pour permettre à tous d’être autonome… »

Pris dans en sens particulier (ils seront autonomes) :
« Pour permettre à tous d’être autonomes… »

L’adjectif est attribut du sujet après le verbe être, donc accord en genre et nombre :
—  Pour permettre à tous d’être autonomes ;
—  Pour permettre à chacun d’être autonome .

Essayez avec des adjectifs dans lesquels on « entend » l’accord :
—  Pour permettre à toutes d’être gagnantes ;
—  Pour permettre à chacune d’être amicale.