Il publia ce roman en l’honneur de sa majesté redoutable, l’aigle royal.

– « en l’honneur de  » est une locution signifiant : Pour rendre hommage, pour honorer quelqu’un, quelque chose.
A côté de cela existent des expressions plus ou moins figées avec le nom ‘honneur » : être à l’honneur, faire honneur, avoir l’honneur. Voir un dictionnaire à l’entrée de ce mot.

– j’ai remplacé « la majesté redoutable de l’aigle royal » par sa majesté redoutable, l’aigle royal. « sa majesté » étant l’expression consacrée et il n’y a pas de préposition (de) pour une mise en apposition de « aigle royal ».

Non, pas dans cette phrase. Ici, on dira « en l’honneur ».