Bonjour,
Je reprends cette ancien échange pour apporter mon expérience. En tant que botaniste professionnel, je précise que nous mettons une majuscule aux noms français de plantes lorsque l’on désigne une espèce précise. En revanche je ne sais pas si ça a été formalisé dans un quelconque code d’orthographe.
ex. La Tulipe d’Agen (Tulipa agenensis) a des pétales rouges / J’ai cueilli un bouquet de tulipes.

En revanche je me questionne s’il faut mettre une majuscule aux noms de familles français. Ex : pour la famille des Poaceae, faut-il écrire Poacées ?