Isolément, on dirait sans doute « une grande partie de ses pouvoirs lui a été retirée », en accordant avec partie ( l’adjectif grand met l’accent sur le nom collectif et non sur son complément).
En conséquence, les trois sujets étant féminins le participe du verbe au passif s’accorde au féminin : « Ses amulettes, ses potions et une grande partie de ses pouvoirs lui ont été retirées. »