Il n’y a aucune préférence à avoir hors contexte. Les deux modes sont possibles et portent, chacun, une nuance
Pour aller vite : l’indicatif est le mode du réel, le subjonctif du virtuel ou du subjectif.

Ne trouves-tu pas que nous sommes complémentaires ?
L’énonciateur (celui qui énonce la phrase) a une opinion. La complémentarité dont il parle appartient à son système de croyances.
Ne trouves–u pas que nous soyons complémentaires ?
L’énonciateur pose un sujet à débattre, en quelque sorte. La complémentarité est posée en dehors de son système de croyances.

Certes, c’est une nuance, elle existe néanmoins.