Ils se sont téléphoné = ils ont téléphoné  à  (l’un  à l’autre t l’autre à l’un).
Le pronom « se » est COI et non COD : ( Il n’est donc pas de sens réfléchi mais réciproque). C’est pourquoi on ne fait pas l’accord.
On est dans le même cas qu’avec le verbe « parler »

Autres cas :
Ils se sont téléphoné la nouvelle : le verbe a ici un COI « se »  et un COD « nouvelle »- l’accord ne se fait que si le COD est placé avant le verbe comme ici : C’est une nouvelle qu’ils se sont téléphonée. : le COD nouvelle étant placé avant le verbe, on fait l’accord avec lui.