Voici ce qu’en disent les Académiciens :

Associé au pronom indéfini rien, dans des tournures que l’on confond souvent, bien que leur sens s’oppose.
Ne… rien moins que signifie « nullement, en aucune façon ». 
Il n’est rien moins que sage = il n’est pas du tout sage.

Au contraire,

Ne… rien de moins que signifie « véritablement, bel et bien ».
Il n’est rien de moins que le meilleur spécialiste de la question = il l’est sans aucun doute.

Rien de moins ou Rien moins s’emploient aussi, sans négation, avec une valeur ironique, dans le sens de « pas moins », pour souligner l’extravagance d’une demande, d’une prétention :
Il se prend pour un héros, rien de moins ou rien moins.

Aussi Jean, dans votre phrase la négation s’impose. Et comme le sens en est « il est vraiment stupide« , vous écrirez :
On le croit capable de mener à bien ce projet, pourtant il n’est rien de moins que stupide.