Il faut utiliser « remercier de », de même que « merci de ».
On peut utiliser « pour » afin de souligner le fait que l’objet du remerciement a déjà porté ses fruits de manière favorable.

Par exemple, on pourra écrire :
« Merci pour vos recommandations qui m’ont permises d’obtenir ce poste. »
« Merci pour votre réponse favorable à ma candidature. »

Mais on écrira :
« Je vous remercie de vos recommandations, malheureusement, le poste a déjà été pourvu. »
ou encore :
« Je vous remercie de vos réponses, cependant, elles sont erronées. »

Il y a toutefois un cas particulier : on utilisera forcément « de » si ce qui suit est à l’infinitif :
« Merci d’être intelligent. »
« Je te remercie de m’avoir prêté ta pelle pour creuser ma tombe. »