Règle générale (qui s’applique quand les règles particulières ne trouvent pas à s’appliquer) : « Lorsque le C.O.D. est un nom collectif suivi de son complément, l’accord  se fait avec celui qui est dominant. » Cf. Heuri  Briet , L’accord du participe passé, coll. « Grevisse. Langue française », p. 111.

Il convient donc de se demander quel est l’élément le plus important =  le noyau du syntagme la série des bêtises. Je constate que série se subordonne l’article défini la et le syntagme de bêtises. Bêtises se subordonne uniquement de ; il ne peut donc pas être le noyau du syntagme (=groupe) total (la série de bêtises).

L’accord du PP  doit donc se faire avec série (qui est, je le rappelle, l’élément prédominant du groupe total. ==> Tu es puni pour  la série de bêtises que tu as faite.
Au demeurant,  il est puni parce que probablement il a fait toute une série de bêtises ; s’il n’avait fait qu’une seule bêtise, il aurait vraisemblablement pu échapper à la punition (ou aurait été bien moins puni). 

Bonne soirée, Line.