Comme l’explique justement Tara dans sa réponse, les deux constructions sont correctes mais il y a une difficulté qui ne vient pas spécifiquement, selon moi, du mot employé.  En effet, que et où peuvent tous deux faire fonction de pronom relatif ou de conjonction de subordination.  Mais rien ne distingue ces nuances dans la tournure et la même phrase peut donc se comprendre de deux manières différentes, même en contexte. C’est ce qu’on nomme en linguistique une amphibologie, poison dont il est difficile de se prémunir. Dans certains cas, il faut revoir totalement la formulation.
Pour votre exemple, C’est la première année que/où/pendant laquelle j’ai adoré l’Histoire :
1. J’avais déjà étudié l’Histoire mais cela ne m’avait pas passionné avant cette année-là. 
2. C’est un cursus de plusieurs années et c’est lors de la première année que l’Histoire m’a passionné. 
Cette ambigüité semble provenir de l’utilisation d’un présentatif, ainsi que le dit Tara, et on peut la retrouver dans d’autres tournures. « C’est la sentinelle qui l’a abattu » peut se lire comme : 
1. Ce n’est pas une autre personne qu’une sentinelle qui lui a tiré dessus ;
2. C’est bien cette sentinelle-là qui a tiré, en la désignant.