C’est la première année que j’ai vraiment adoré l’histoire-géo.
Cette phrase a une forme emphatique. C’est.. que est une formule d’insistance. En ce cas, « que » est une conjonction et pas un pronom relatif.

C’est la première année où j’ai vraiment adoré l’histoire-géo.
Cette fois-ci, la phrase est complexe.
La principale : c’est la première année
La proposition subordonnée relative : où j’ai vraiment adoré l’histoire-géo
Remarque : ici, le présentatif « c’est » introduit un groupe nominal (« la première année »), non pas la phrase entière.

Donc, les deux formulations sont correctes mais ne disent pas la même chose.