Haut–commissaire est un titre, une fonction.
À l’heure actuelle le haut–commissaire de la République représente l’État dans la collectivité d’outre-mer en Polynésie française ou en Nouvelle-Calédonie, il a rang de préfet.
Dans le gouvernement, le haut–commissaire est un responsable de service ministériel, il siège au gouvernement (pour les affaires relevant de ses attributions). Récemment, les fonctions de haut-commissaire aux solidarités actives contre la pauvreté et à la jeunesse ont été exercées par Martin Hirsch entre 2007 et 2010, dans le gouvernement Fillon.
Le haut-commissaire est nommé tel pour une mission précise. Le nom composé haut-commissaire se justifie alors pleinement avec un trait d’union.
Au contraire, haut fonctionnaire n’est ni un titre ni une fonction. Un haut fonctionnaire est un fonctionnaire de l’administration publique ayant en charge des responsabilités importantes, à ce titre, il appartient à un corps dit de hauts fonctionnaires. Haut fonctionnaire est donc un terme général pouvant désigner un directeur d’administration, un chef d’un grand service de l’État, etc., haut est adjectif et l’écriture en deux mots s’impose.