Bonjour,

Selon France Terme, un boîtier-système est un « boîtier qui contient les puces nécessaires à la mise en œuvre des fonctions d’un système. »
La relation de subordination  est évidente. Il s’agit d’un boîtier « pour faire un système », j’écrirais donc des « boîtiers-système ».
Par ailleurs les rectifications de 1990 ne s’appliquent pas, que je sache, aux noms composés de deux noms.
Sous toutes réserves.