Tout d’abord on écrit un arc-en-ciel.
Le pluriel : des arcs-en ciel (on ne fait pas la liaison entre arcs et en.
Pour ce qui est de gratte-ciel, la rectification de l’orthographe de 1990 en fait des gratte-ciels.

Mais j’avoue préférer l’ancien « des gratte-ciel ».
Car vous avez raison de rapprocher arc-en-ciel de gratte-ciel. Pourquoi rectifier le pluriel de l’un et pas de l’autre ?
Je trouve la question des traits- d’union (ou pas) mal traitée dans cette rectification. On nous propose de souder les noms composés, mais pas tous*. On hésite à nous faire écrire pommedeterre ou chefdoeuvre par exemple. On nous propose une « S » sur le ciel de « des gratte-ciels » mais pas sur celui de « arcs-en-ciel ».
*alors lesquels ?

Je m’en tiendrai donc à : des arcs-en ciel et des gratte-ciel (le 1er élément de ce mot étant un verbe on ne peut lui attribuer de « S » comme marque du pluriel).
Mais vous obtiendrez sans doute ici d’autres réponses.

« Des bonnes  fraises rouges ou de bonnes fraises rouge ? »
Ceci est plus simple : de bonnes fraises rouges.
– « rouge » est un adjectif qui s’accorde avec « fraises »
– « des » laisse la place à « de » lorsque le nom est accompagné d’un adjectif