Question intéressante. À l’origine (latin fundus, ancien et moyen français), il n’y a qu’un seul mot correspondant à la « partie la plus basse ou la plus éloignée de quelque chose ». Le mot s’écrivait fons (parfois funz puis fonz).
Comme cette partie basse était souvent le sol, la terre sur laquelle on construisait et qui constituait un bien immeuble (le foncier), le mot a pris à la Renaissance (XVIe siècle) le sens de  capital dont on dispose. C’est ensuite le célèbre grammairien Vaugelas qui a défini la différence de sens et de graphie, le mot fonds désignant dès lors tout ensemble qu’on cherche à valoriser : fonds de commerce, bibliographique, d’investissement. Le mot fondation pour un organisme de collecte et de mise en valeur vient de ce sens.