Même s’il semble exister des graphies avec le singulier (voir ci-après), je penche nettement pour le pluriel :
1.  Raison générale : on exprime généralement un écart entre deux éléments individualisés que l’on compare.  On a des différences « entre » opinions.
2. Raisons spécifiques au mot « opinion » : de nos jours, on parle, même pour un seul individu, de « ses » opinions philosophiques, religieuses ou politiques.

Cela étant, cela n’explique pas totalement l’existence attestée du singulier. Celui-ci semble réservé à l’usage, moins courant, avec un mot caractérisant une réalité généralement non divisible. On peut ainsi écrire une différence « d’intensité », « de qualité » ou « de structure ». Il y a alors une différence « dans » un seul objet. On est plus proche de la quantification (une différence de calcul) que de la qualification (une différence de calculs).

C’est assez finaud… Pour l’usage courant, je pense que le mieux est de tester un synonyme de « différence », qui n’ait pas de connotation quantitative. Je proposerais « divergence ». On comprend bien que l’on peut avoir une divergence d’opinions entre personnes, mais pas une « divergence » d’intensité dans la couleur rouge.

Finalement, c’est pragmatiquement efficace. Je vais m’en resservir pour mes corrections…
Merci pour votre question 2016 !