Bonjour grmber, je ne sais pas s’il existe des règles précises pour la rédaction du courrier électronique, mais d’une façon générale, si « Merci » est le dernier (ou le seul) mot d’une phrase, il est normalement suivi d’un point :

Merci.

Toutefois, lorsque ce mot est le dernier d’une lettre (ou d’un mél) avant la signature, je le fais suivre d’une virgule, comme il est d’usage de le faire après une formule de politesse courte (voir par exemple ici) :

Merci,

— 
Christian