Les deux sont corrects.
Cependant, devant un verbe on emploie le plus souvent « de »  : merci de m’avoir aidé .
Devant un nom, on emploie plus volontiers « pour »  : merci pour votre aide.
L’Académie, dans son dictionnaire et pour la définition de « merci », donne parmi les exemples : merci de votre obligeance (donc « de » avec nom).
Tout est donc possible.