Bonjour,

Les grammairiens et les écrivains que cette locution oppose nous laisse pantois. Aussi  est-il préférable d’éviter cette locution et l’abandonner à la langue familière.
On emploiera à profit la locution « bien que» toujours suivie du subjonctif.

« Malgré le fait que» est une tournure lourde et son emploi n’est pas d’un effet très heureux.

Cependant cette locution s’emploie avec le verbe avoir dans les expressions : « malgré que j’en aie , malgré qu’il en ait » avec le sens de en dépit de moi , en dépit de lui.
Malgré qu’il en ait, nous savons son secret.

Je voudrais compléter mon propos en signalant le point de vue  d’André Gide sur cette locution.

Voici ce qu’il écrit* à Paul Souday le 13 octobre 1923.

[…] J’ai écrit avec Proust et Barrès, et ne rougirai pas d’écrire encore malgré que, estimant que, si l’expression était fautive hier, elle a cessé de l’être. Elle ne se confond pas avec bien que, qui n’indique qu’une résistance passive; elle indique une opposition.

* extrait de son livre « Incidences ». Selon les éditions p. 69 ou p. 73