On écrira « Madame le ministre » par respect pour la fonction et par cohérence linguistique. Cependant, dans le langage courant, on admet « la ministre » qui est en voie d’être consacré par l’usage (on ne reviendra pas en arrière).
Voici, à ce sujet, la position de l’Académie (qui n’est ni ringarde, ni consevatrice, ni en retard) et qui n’a pas varié  depuis 1984 :
« en ce qui concerne les titres, les grades et les fonctions, au nom de la neutralité institutionnelle et juridique qui leur est attachée, l’Académie française recommande d’éviter, dans tous les cas non consacrés par l’usage, les termes du genre dit « féminin » et de préférer les dénominations de genre non marqué.
Une féminisation autoritaire et systématique pourrait aboutir à de nombreuses incohérences linguistiques. Brusquer et forcer l’usage reviendrait à porter atteinte au génie de la langue française et à ouvrir une période d’incertitude linguistique. C’est ce que l’Académie française a toujours voulu éviter et c’est pourquoi, au nom de l’usage, elle se réserve la possibilité d’enregistrer de nouveaux termes pourvu qu’ils soient bien formés et que leur emploi se soit imposé. »