Quelle est cette nuance ?

Changeons de personne pour éliminer l’homonymie entre les deux modes :
Les êtres humains sont les seuls animaux dont il a réellement peur. Les deux faits sont donnés comme des informations d’une réalité.
Les êtres humains sont les seuls animaux dont il ait réellement peur. Le premier  fait est le thème de la phrase, le second en est le propos.
Ce n’est qu’en contexte qu’on peut voir la différence clairement (avec la suite du texte par exemple).
Les êtres humains sont les seuls animaux dont il a réellement peur. Cette peur peut paraître étonnante mais…
Les êtres humains sont les seuls animaux dont il ait réellement peur. Les autres animaux ne présentent pas un réel danger…