La question portait, me semble-t-il, sur le pluriel ou le singulier du nom groupe.
En fait, tout dépend du contexte : intra signifie interne et donc intra-groupe signifie « interne au groupe » s’il n’y a qu’un groupe.

« Intra-groupes » peut donc signifier  « interne aux groupes » s’il y a plusieurs groupes.

Vous me direz que, quoi qu’il arrive, la réalité ne peut être interne qu’à un groupe : par définition, ce qui se passe à l’intérieur d’un groupe. Toutefois, s’il y a plusieurs groupes, on peut considérer l’interne pour tous les groupes et donner un pluriel qui ne serait pas grandement fautif.

C’est comme pour la phrase : « ils ont accroché leur chapeau » ou « leurs chapeaux ». Le Projet Voltaire considère que les deux sont valables : le singulier est admis car chaque personne n’a qu’un chapeau, mais si l’on considère l’ensemble, on admet le pluriel. Il y aura plusieurs chapeaux.

N’hésitez pas à spécifier le contexte de votre demande si la réponse est trop vague.