Ah mais les deux !
Mettez les deux phrases au présent :
Il n’en fit rien > il n’en fait rien : verbe faire
Il n’en fut rien > il n’en est rien = verbe être

Les phrases disent deux choses différentes. Voyons d’un peu plus près.
Il n’en fit rien – il n’en fait rien > il s’attendait à le voir pleurer mais il ne pleura pas
On peut remplace le pronom « il » par un nom : Pierre n’en fit rien – on peut changer de pronom  : elle n’en fit rien/nous n’en fîmes rien etc.
en = de cela : il ne fit rien de cela (= de ce qui était attendu)

Il n’en fut rien – il n’en est rien = cela ne fut pas > il s’attendait à le voir pleurer mais cela ne fut pas
On ne peut pas remplace « il » par un nom ni changer de pronom. Ce ‘il » est impersonnel
en = ici aussi « de cela » : rien de cela (de ce qui était attendu) ne fut.