Le roman-fleuve est donc tout autre chose que la survivance, au cœur du xx^e siècle, d’un projet naturaliste désuet.

Non, « que » n’introduit pas ici de subordonnée. Vous pouvez voir qu’il est suivi d’un nom « survivance » et de l’expansion de ce nom « d’un projet naturaliste désuet » ainsi qu’un complément circonstanciel  » au cœur du XXe siècle » (possible parce que « survivance » est une nominalisation << survivre).

« Que » a un rôle de préposition.
Si on veut l’analyser, il est utile de procéder à une substitution :
Le roman-fleuve est donc très différent de la survivance, au cœur du xx^e siècle, d’un projet naturaliste désuet.
Apparaît alors le rôle de « que », qui est d’introduire une comparaison entre deux noms.