Question intéressante car inédite sous cette forme.
S’il n’y a pas de contexte (verbal ou par commentaires), la seule solution me semble être d’utiliser l’alphabet phonétique. C’est facile à mettre en forme et international.
Vous pourrez ainsi écrire : « Les poules du couvent [kuvɑ ̃] couvent [ku:v]. » « J’ai coupé les fils [fil] dépassant des coutures de la veste de mon fils [fis]. »
La notation entre crochets indique à elle seule la graphie en phonétique. On la trouve dans les ouvrages  de langue les plus courants.
Cela représente fidèlement la prononciation et est normalement accessible à tout élève en F.L.E. (français langue étrangère) ou à une I.A. (intelligence artificielle).
Cela concerne, selon mes propres données, une petite centaine de mots (en -ctions, -ent et quelques divers) qualifiés d’homographes non homophones.