Le nom se met au singulier ou au pluriel selon qu’il désigne une ou plusieurs choses manquantes.
On écrira « un gilet sans manches » (un gilet possède, en principe, deux manches), « un manteau sans boutons » (un manteau possède, en principe, plusieurs boutons).
Mais on écrira « une boîte sans couvercle » (une boîte possède, en principe, un seul couvercle).
Votre exemple est ambigu. En principe, il y a plusieurs fleurs, je pencherais donc pour « il n’y a pas de fleurs ».
Cependant, on pourrait imaginer parfois un emploi au singulier :
« Il faut arroser la fleur.
 — Mais il n’ y a pas de fleur ! Il n’y a que des feuilles ! ».
Il faut, dans ce cas précis, employer le singulier avec beaucoup de prudence.