Pour l’organisme canadien Termium Plus,
« On met toujours une espace insécable entre un nombre écrit en chiffres et le mot auquel il se rapporte, qu’il soit placé avant ou après. Exemple : 25_pages. »
btb.termiumplus.gc.ca

Pour le correcteur Antidote,
« De façon générale, on évite de séparer un nombre écrit en chiffres du mot auquel il se rapporte. Exemple : 250_spectateurs« 
antidote.info

C’est un sujet moins traité dans les guides de référence, car l’usage ayant été longtemps d’écrire en lettres même les grands nombres (les cinquante-mille-deux-cent-vingt-cinq dernières années), la question ne se posait pas. Elle était limitée à des unités de mesure, à des dates…
Mais si on écrit en chiffres devant n’importe quel nom, il n’y a pas de raison de ne pas généraliser la règle, comme dit ci-dessus.
Vous ne trouverez d’ailleurs pas dans un livre bien composé de retour à la ligne dans, par exemple « Pierre avait 45 / ans », ou « il avait obtenu 978 / voix ».
Je vous suggère donc fortement d’écrire avec une espace insécable « les 50_000_années », cela afin de ne pas séparer le nombre cardinal écrit en chiffres du nom auquel il se rapporte.

Toutefois, en présence d’un adjectif intercalé, cette règle n’est plus applicable, car il n’y a en effet aucune nécessité de lier le nombre et l’adjectif. Il faudrait en fait deux espaces insécables pour respecter l’esprit de la règle : « un écart de 978_petites_voix ». Ce n’est pas réaliste.
C’est comme l’histoire des traits d’union avec l’adverbe « là » : on écrit « cet homme-là » mais « cet homme de loi là ». Quand on ne peut pas lier logiquement, on renonce tout simplement à lier.
Vous devez donc écrire, à cause de l’adjectif intercalé, « les 50_000 dernières années ».