Il n’y a pas de négation.
Il arrive en effet que deux « en » se suivent dans une phrase. Mais ce n’est pas le même mot.

Elle se libère des autres forces en en exerçant une plus grande.
– Le 1er est une préposition qui introduit un gérondif (forme verbale en -ant accompagnant un autre verbe).
– Le 2e est un pronom qui reprend un nom : ici « forces ».

Si on fait de cette phrase deux phrases :
Elle se libère des autres forces
En même temps (= en) elle exerce une plus grande force (= en)

—> généralement on évite que ces deux « en » se rencontre par souci esthétique. On peut par exemple reformuler ainsi :
Pour se libérer des autres forces, elle en exerce une plus grande.
Elle se libère des autres forces en exerçant une plus grande force encore.