« Quelle heure elle est ? » n’est pas correct.
Tout au plus pourrait-on dire « quelle heure il est ? », mais cette formule fait partie du langage familier.

Lorsque le sujet est un pronom personnel, la langue soignée, surtout écrite, marque l’interrogation par l’inversion du sujet. On préfèrera alors « quelle heure est-il ? » où « il » est un pronom impersonnel (il pleut. Pleut-il ?)